檢測新型冠狀病毒特異序列的方法最常見的是熒光定量PCR（聚合酶鏈式反應）。因PCR反應模板僅為DNA，因此在進行PCR反應前，應將新型冠狀病毒核酸（RNA）逆轉錄為DNA。在PCR反應體系中，包含一對特異性引物以及一個Taqman探針，該探針為一段特異性寡核苷酸序列，兩端分別標記了報告熒光基團和淬滅熒光基團。探針完整時，報告基團發(fā)射的熒光信號被淬滅基團吸收；如反應體系存在靶序列，PCR反應時探針與模板結合，DNA聚合酶沿模板利用酶的外切酶活性將探針酶切降解，報告基團與淬滅基團分離，發(fā)出熒光。每擴增一條DNA鏈，就有一個熒光分子產(chǎn)生。熒光定量PCR儀能夠監(jiān)測出熒光到達預先設定閾值的循環(huán)數(shù)（Ct值）與病毒核酸濃度有關，病毒核酸濃度越高，Ct值越小。不同生產(chǎn)企業(yè)的產(chǎn)品會依據(jù)自身產(chǎn)品的性能確定本產(chǎn)品的陽性判斷值。

對于新型冠狀病毒的核酸檢測，首先根據(jù)試劑盒說明書”樣本要求“部分進行樣本采集，常規(guī)的樣本類型包括咽拭子、鼻拭子、痰液、支氣管灌洗液、肺泡灌洗液等。

獲得患者樣本后，需盡快進行檢測，如無法立即檢測需要轉運的樣本，應按照說明書的要求進行低溫封裝，并送到專門的檢測機構進行檢測。檢測機構收到樣本后，對樣本進行核酸提取，核酸提取試劑應使用批準產(chǎn)品說明書中指定的核酸提取試劑盒。

病毒RNA需要首先逆轉錄為cDNA，再進行擴增檢測。PCR擴增和檢測應使用批準產(chǎn)品說明書中指定的熒光定量PCR儀，通過熒光定量PCR所得到的樣本Ct值的大小，可以判斷患者樣本中是否含有新型冠狀病毒。

上述過程中樣本的采集、保存、轉運，樣本核酸的提取和檢測、結果的判讀均須嚴格按照試劑盒說明書要求進行。